9 Patrullas, ningún buque hundido. 1 dragaminas hundido (625 tn)

Aunque estuvo destinado en la 9 U-Flottille de Brest entre Noviembre y Diciembre de 1943, el U739 no llearía a cabo ninguna operación durante esas fechas. Probablemente permanecería en Kiel.

1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 1 de Enero de 1944 y llega a Bergen el 6 de Enero de 1944.

2ª Patrulla
Zarpa de Bergen el 8 de Enero de 1944 hacia aguas Septentrionales.
El U739 formaba parte del grupo Isegrim, que se encontraba a la espera de los convoys JW56a y JW56b, en el paso de la Isla del Oso. El día 25 se avistaría al convoy JW56a y todos los uboote del grupo, excepto el U739, atacarían al convoy. El U739 se encontraba demasiado al Norte.
Tras llegar el convoy JW56a a la ensenada de Kola el grupo Isegrim se convertiría en el grupo Werwolf. El grupo Werwolf permanecería a la espera del convoy JW56b en el paso de la Isla del Oso. El contacto con el convoy se produciría el día 29 y a primera hora del día 30 se iniciarían los ataques. El U278 torpedearía al destructor HMS.Hardy que sería hundido poco después por el, también destructor, HMS.Venus. Este fue el único hundimiento del convoy.
El U739 llegaría a Narvik el 3 de Febrero de 1944.

3ª Patrulla
Zarpa de Narvik el 21 de Febrero de 1944.
El día 20 zarparía de Loch Ewe el convoy JW57, siendo localizado por el servicio de reconocimiento aéreo el día 23. El grupo Werwolf se desplegaría para interceptarlo. Los uboote U739, U425, U601, U713 y U990 alcanzarían al convoy el día 24 en el Mar de Noruega. Los uboote serían rechazados el día 25 y el U990 hundiría al destructor de escolta HMS.Maratta.
Tras la operación los uboote U739, U307, U315 y U472 formarían el grupo Boreas para esperar el regreso del convoy JW57 (RA57). El RA57 zarparía el día 2 de Marzo y a primera hora del día 4 el U739 realizaría el primer ataque sobre el convoy. El U739 fallaría al atacar al destructor HMS.Swift.
Sólo el U703 tendría éxito en la operación, logrando hundir a un buque del convoy el día 4. Por otra parte, en la operación serían hundidos los U366 y U973.
El U739 llegaría a Trondheim el 8 de Marzo de 1944.

4ª Patrulla
Zarpa de Trondheim el 27 de Marzo de 1944 y llega a Narvik el 29 de Marzo de 1944.

6ª Patrulla
Zarpa de Bogenbucht el 16 de Abril de 1944.
El U739 formaría parte del grupo Keil, que se encontraba al Sur de la Isla del Oso a la espera de un convoy. El día 28 la aviación alemana avistaría al convoy RA59.
Los grupos Keil y Donner se desplegarían para interceptarlo. Se realizarían varios ataques, muchos de ellos sobre los escoltas, a partir del día 2 de Mayo. Sólo resultaría hundido un buque, concretamente hundido por el U711. Durante las operaciones los uboot U277, U674 y U959 serían hundidos por aviones Swordfish procedentes del portaviones HMS.Fencer. El U739 no llegaría a atacar al convoy.
El U739 regresaría a Bogenbucht el 9 de Mayo de 1944.

7ª Patrulla
Zarpa de Bogenbucht el 11 de Mayo de 1944 y llega a Trondheim el 13 de Mayo de 1944.

8ª Patrulla
Zarpa de Trondheim el 30 de Junio de 1944 y llega a Bogenbucht el 1 de Julio de 1944.

9ª Patrulla
Zarpa de Bogenbucht el 7 de Julio de 1944.
El U739 regresaría a Bogenbucht el 12 de Julio de 1944.

10ª Patrulla
Zarpa de Bogenbucht el 2 de Agosto de 1944.
El U739 se dirigiría hacia el Mar de Kara para operar, junto a otros uboote , a lo largo de la ruta Siberiana. Los uboote U739, U278, U362, U365, U711 y U957, formarían el grupo Greif. Durante el mes de agosto sólo los uboot U711 y U365 lograrían algún éxito.
A primeros de Septiembre el grupo Greif se reduciría hasta sólo tres integrantes, U739, U278 y U362. Estos uboote serían reabastecidos por el U711 y por el U957. El U711 y el U957 pondrían rumbo a Hammerfest para repostar. El día 5 el U739 y el U362 intentarían atacar a un convoy Soviético cerca de la isla de Krakowa. El U362 resultaría hundido por un minador de la escolta. El día 6 el U739 atacaría sin éxito a un destructor Soviético.
Tras cargar combustible los U711 y U957 se unirían al U278 y al U739. A partir del día 21 los uboote intentaron atacar al convoy Soviético VD1. En la zona Este del mar de Kara el U739 atacaría sin éxito, el día 22, a un vapor y el día 24 por la mañana hundiría al dragaminas Soviético TSC-120.
A última hora del día 24 el U739, U711 y el U957 cañonearían una estación de radio soviética en Novaya Zemlya.
El U739 llegaría a Skjomenfjord el 3 de Octubre de 1944.

11ª Patrulla
Zarpa de Skjomenfjord el 6 de Octubre de 1944 y llega a Trondheim el 8 de Octubre de 1944.

12ª Patrulla
Zarpa de Trondheim el 15 de Diciembre de 1944 y llega a Harstad el 18 de Diciembre de 1944.

14ª Patrulla
Zarpa de Kilbotn el 16 de Enero de 1945.
A primeros de Febrero el U739 formaría parte del grupo Rasmus, situado en el paso de la Isla del Oso, esperando al siguiente convoy. El día 6 sería avistado por la aviación alemana el convoy JW64. La aviación atacaría al convoy los días 7 y 10 de Febrero. La operación resultó un fiasco ya que doce aviones serían derribados.
A causa de la fuerte escolta, formada por los portaviones HMS.Campania y HMS.Nairana, el grupo Rasmus no lograría alcanzar al convoy. Tras pasar el convoy JW64 el grupo Rasmus se uniría a otros uboote situados en la ensenada de Kola.
El día 16, una fuerza naval británico-Soviética efectuaría un barrido de la ensenada de Kola para rechazar a los uboote , antes de la partida del convoy RA64. El convoy zarparía el día 17 y ese mismo día el U968 hundiría a un buque y el U711 hundiría a una Corbeta. El contacto con el convoy se perdería el día 18. Algunos uboote se dirigirían hacia la zona del paso de la Isla del Oso pero no lograrían atrapar al convoy.
El día 20 la Luftwaffe localizaría al convoy RA64. La aviación realizaría varios ataques que acabarían con el resultado de un buque hundido (el SS.Henry Bacon) de seis aviones derribados. El SS.Henry Bacon sería el último buque hundido por un avión alemán en la Segunda Guerra Mundial.
El U739 llegaría a Harstad el 25 de Febrero de 1945.

15ª Patrulla
Zarpa de Harstad el 1 de Abril de 1945 para operar en aguas costeras Británicas.
El U739 patrullaría la zona de North Minch y a la altura de la costa norte Escocesa, ente los días 12 y 26 de Abril, sin éxito.
El U739 llegaría a Wilhelmshaven el 4 de Mayo de 1945.