5 Patrulla. 1 buque hundido (7.519 tn) 3 dañados.

1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 15 de Agosto de 1942 hacia el Atlántico Norte.
El U659 formaría parte del grupo Vörwarts, creado el día 27 al Oeste de Irlanda. El grupo se dirigiría hacia el Suroeste y el día 31 el U609, situado en el extremo Norte de la línea de patrulla, avistaría al convoy SC97. El U609, y otros uboote procedentes del Sur, serían rechazados por los escoltas.
A la mañana siguiente (1 de Septiembre) aparecería el primer avión de escolta y desde ese momento, la constante presencia de los escoltas aéreos, obligarían a los uboote a permanecer sumergidos. El contacto se perdería esa misma noche  al efectuar el convoy una maniobra de evasión. La operación se anularía a primera hora del día 2.
Dos días más tarde el grupo Vörwarts se uniría al grupo Stier y formarían una larga línea de patrulla (que se denominaría también Vörwarts), quedando situados al Oeste de Irlanda, a la espera del convoy ON127. El convoy pasaría por el extremo Sur de la línea de patrulla el día 9 por la tarde, siendo avistado por el U584. El contacto se perdería esa misma noche pero se recuperaría el día 10 al amanecer. El día 10 por la tarde el U659 torpedearía, dejándolo al garete, al petrolero SS.Empire Oil (británico 8.029tn) en la zona central del Atlántico Norte. Este petrolero sería hundido cuatro horas más tarde por el U584. El U656 sería localizado, atacado y dañado por los escoltas. A causa de los daños el U659 iniciaría el regreso a la base. La operación contra el convoy ON127 finalizaría el día 14.
El U659 llegaría a su nueva base en Brest el 16 de Septiembre de 1942.

2ª Patrulla
Zarpa de Brest el 14 de Octubre de 1942 hacia el Atlántico Central.
El U659 era uno de los ocho uboote que se reunirían al Este de las Azores. Estos uboote debían formar una línea de patrulla cerca de Freetown a partir del día 23, como grupo Streitaxt. El día 25, a la altura de las Islas Canarias, los uboote perseguirían a un petrolero, que estaba escoltado por dos destructores, sin éxito.
El día 27 el U409 avistaría al convoy SL125, al Oeste de las islas Canarias, cruzando la línea de patrulla Streitaxt. Esa misma tarde los uboote U659, U203 y U509 atraparían al convoy. A primera hora del día 30 el U659 hundiría a un petrolero rezagado del convoy, el MV.Bullmouth (británico 7.159tn) que había sido torpedeado una hora antes por el U409. Luego el U659 torpedearía al SS.Corinaldo (británico 7.131tn) que había sido torpedeado poco antes por el U509 y que sería finalmente hundido dos horas más tarde por el U203.
El día 30 por la tarde el U659 realizaría un último ataque al convoy, torpedeando y dañando al MV.Tasmania (británico 6.405tn). Este buque sería hundido poco después por el U103. Todos estos ataques fueron realizados por el U659 al Noroeste de Madeira. La noche del 30 al 31 de Noviembre el U659 sería localizado y atacado por unos de los escoltas que lo sometería a varios ataques con cargas de profundidad. A causa de los desperfectos el U659 se vio obligado a regresar a la base.
El U659 llegaría a Brest el 5 de Noviembre de 1942.

3ª Patrulla
Zarpa de Brest el 12 de Diciembre de 1942.
El U659 formaría parte del grupo Spitz, formado a partir del día 23 al Oeste de Irlanda. El grupo se dirigiría hacia el Suroeste y el día 26 las líneas de patrulla Spitz y Ungestüm se unirían.
Durante la tarde del día 26, el convoy ONS154 pasaría por la zona Sur de la línea de patrulla Spitz, siendo avistado por el U664. Ambos grupos se dirigirían hacia una zona situada al Norte de las Azores para interceptarlo. A primera hora del día 27 serían hundidos tres buques, quedando otro dañado, todos ellos por parte del U356.
El U659 abandonaría la operación contra el convoy ONS154 el día 29 y buscaría en vano durante días al buque mercante alemán Rhakotis, que intentaba saltarse el bloqueo naval, para escoltarlo de regreso a la base. El Rhakotis había sido hundido el día 1 de Enero por el crucero británico HMS.Scylla.
El U659 llegaría a Brest el 5 de Enero de 1943.

4ª Patrulla
Zarpa de Brest el 8 de Febrero de 1943 hacia el Atlántico Norte.
El U659 se uniría al grupo Neptun, formado a partir del día 18 al Suroeste de Islandia, para operar contra el esperado convoy HX226. El convoy no sería localizado ya que había sido desviado para pasar muy al Norte de la línea de patrulla Neptun.
El día 20 el grupo se dirigiría hacia el Suroeste. El grupo sería esquivado por el convoy SC120 pero el U759, situado en el extremo Norte de la línea de patrulla, avistaría al convoy HX227, el día 27 por la mañana. El grupo Neptun lo perseguiría, aunque sólo el u405 lograría atacar al convoy. El mal tiempo y la niebla frustrarían la operación.
Mientras se buscaba al convoy HX227 el U608, el día 1 de Marzo, avistaría al convoy ON168. El U608 sería rechazado por los escoltas. El convoy no sería avistado de nuevo y el día 3 se abandonaría la operación.
A partir del día 5 el grupo Neptun tomaría posiciones al Sur de Cape Farewell y al Norte de los grupos Wildfang y Burggraf. El U405 avistaría el día 6 al convoy SC121 y diecisiete uboote , procedentes de los grupos Neptun, Wildfang y Burggraf, perseguirían al convoy bajo la denominación de grupo Westmark. Otra línea de patrulla, formada por once uboote del grupo Neuland, se formaría el día 8 al Sureste de Groenlandia por delante del convoy. Este grupo se denominaría grupo Ostmark.
El U566 y el U230 del grupo Westmark contactarían con el convoy SC121 la noche del 6 al 7 de Marzo. Las operaciones contra el convoy se desarrollaron en medio de una fuerte tormenta y de una mar en muy mal estado. A pesar de las condiciones serían hundidos doce buques del convoy y otro sería dañado. La operación contra el convoy SC121 finalizaría el día 11 cerca de Rockall. Aproximadamente sobre el día 14 el U659 sería reabastecido por el U119 al Norte de las Azores para poder regresar a la base.
El U659 llegaría a Brest el 20 de Marzo de 1943.

5ª Patrulla
Zarpa de Brest el 25 de Abril de 1943.
El U659 formaría parte del grupo Drossel que tenía desplegada una línea de patrulla al Noroeste de Cabo Finisterre. El día 3 de Mayo el servicio de reconocimiento aéreo, informaría de la presencia de un convoy formado por once mercantes y seis escoltas, al Noroeste del grupo Drossel. Los uboote se dirigirían hacia el Este para interceptarlo pero el contacto con el convoy se perdería esa misma tarde. Poco después se descubrió que el convoy realmente lo formaban quince LCT y dos escoltas.
Las condiciones del mar no eran las apropiadas para atacar a este tipo de buques de casco muy plano. A primera hora del día 4 el U659 y el U439 intentarían atacar al convoy. Ambos navegaban en la superficie cuando ambos colisionarían, posiblemente los vigías se distrajeron viendo arder a uno de los escoltas del convoy (el MGB657) estaba ardiendo tras ser atacado por otro uboot.
El U659 se hundiría de inmediato y el U459, con un gran agujero en su zona de proa, empezaba a escorar a causa de la masiva entrada de agua y poco después también se hundiría. El otro escolta del convoy, siguiendo un rastro de aceite, lograría rescatar a doce supervivientes, tres del U659 y nueve del U439.
Del U659 morirían su comandante y 43 tripulantes (3 supervivientes).
La posición del hundimiento del U659 fue 43º32’N 13º20’W.