10 Patrullas. 18 buques hundidos (99.858 tn) 2 dañados. 1 Corbeta hundida (915tn) 1 Trainera armada hundida (913tn).

5ª Patrulla
Zarpa de Brest el 24 de Noviembre de 1941 hacia el Mar Mediterráneo.
El día 1 de Diciembre el U558 sería atacado y dañado por un avión Swordfish del escuadrón 812 de la FAA, este avión pertenecía al portaviones HMS.Ark Royal pero operaba desde el aeropuerto de Gibraltar. El día 2 el U558 sería de nuevo atacado por un avión. A causa de los daños sufridos en estos ataques el U558 regresaría a Brest.
El U558 llegaría a Brest el 7 de Diciembre de 1941.

6ª Patrulla
Zarpa de Brest el 10 de Febrero de 1942 hacia el Atlántico Norte.
El U558 sería desviado de su ruta original para interceptar al convoy ONS97 que había sido avistado por el U155 el día 21 a 600 millas al Noreste de Cape Race. El U558 atacaría al convoy el día 24 por la mañana al Oeste Noroeste de las Azores. En tres ataques el U558 torpedearía a cinco buques y hundiría a dos petroleros, fueron el SS.Inverarder (británico 5.578tn), y el MV.Eidanger (noruego 9.432tn). En los ataques dañaría a otor petrolero, concretamente al MV.Anadara.
El U558 regresaría a Brest el 11 de Marzo de 1942.

7ª Patrulla
Zarpa de Brest el 12 de Abril de 1942 para operar en aguas Norteamericanas.
El U558 sería reabastecido por el U459 el día 29 a 500 millas al Noreste de Bermuda. El día 12 de Mayo el U558 hundiría a la trainera antisubmarina HMS.Bedfordshire a la altura de Cape Lookout, Carolina del Norte.
El U558 se dirigiría hacia el Sur y el día 18 hundiría al SS.Fauna (holandés 1.254tn) al Noreste de la isla de Mayaguana en las Bahamas. El uboot entraría en el Caribe a través del paso de Windward y el día 21 hundiría al SS.Troisdoc (británico 1.925tn) al Oeste de Jamaica. El U558 torpedearía y averiaría al petrolero SS.William Boyce Thompson el día 23 al Sur de Jamaica. El día 25 hundiría a cañonazos al SS.Beatrice (americano 3.451tn) al Sureste de Kingston y el día 27 hundiría al transporte de tropoas SS.Jack (americano 2.622tn) al Sur de Haití.
El U558 abandonaría el Caribe, probablemente a través del paso de Windward. El día 2 de Junio hundiría al SS.Triton (holandés 2.078tn) al Sureste de Bermuda. A mediados de Junio sería reabastecido por el U459 al Oeste de las Azores.
El U558 llegaría a Brest el 21 de Junio de 1942.

8ª Patrulla
Zarpa de Brest el 29 de Julio de 1942 hacia el Caribe.
A mediados de Agosto sería reabastecido por el U462 al Oeste de las Azores. El U558 entraría en el Caribe y el día 25 hundiría a un mercante rezagado del convoy TAW15, se trataba del SS.Amakura (británico 1.987tn), al Este de Port Morant, Jamaica. Tras este ataque el U558 sería rechazado de la zona por un avión.
En Septiembre el U558 operaría en la zona Este del Caribe y el día 13 localizaría al convoy TAG5 al Oeste de Grenada, el U558 hundiría al SS.Suriname (holandés 7.915tn), al MV.Empire Lugard (británico 7.241tn) y al petrolero MV.Vilja (noruego 6.672tn).
Tras dejar el Caribe el U558 hundiría al SS.Commercial Trader (americano 2.606tn) el día 16 al Este de Trinidad. El U558 sería reabastecido por el U461 a finales de Septiembre al Noroeste de las Azores.
El U558 llegaría a Brest el 16 de Octubre de 1942.

9ª Patrulla
Zarpa de Brest el 9 de Enero de 1943 hacia el Atlántico Central para operar contra los convoys que se dirigían hacia el Mar Mediterráneo.
Aproximadamente el día 23 de Enero el U558 se uniría al Grupo Delphin situado al Sur de las Azores. Hasta finales de Enero el Grupo patrullaría hacia el Este hacia una zona situada al Noroeste de las isla Canarias, luego se dirigirían hacia el Este hacia situarse al Oeste de Gibraltar.
El día 7 de Febrero el U521 avistaría a un pequeño convoy costero, el Gib número-2, al Norte de las Canarias. A los cinco uboote situados más al Sur en la línea de patrulla Delphin (U558, U87, U202, U258 y U521) se les ordenaría atacar al, parecer, desprotegido convoy. No obstante, antes de que se reforzara la escolta naval (el día 9) la operación había sido anulada el día anterior a causa de la fuerte protección aérea.
Tras perseguir a un convoy el día 11 al Este de Madeira, que no era un convoy si no un Grupo de Ataque, los cinco uboote serían reabastecidos entre los días 12 y 14 por el U118 al Sur de las Azores. Tras ser reabastecidos los uboot pasarían a engrosar, a partir del día 16, al Grupo Rochen que se encontraba situado al Sur de las Azores para interceptar a los convoys US-Gibraltar.
El Grupo patrullaría hacia el Oeste durante cuatro días, virando hacia el Este de nuevo el día 20. Dos días más tarde el Grupo Rochen se dirigiría a la intercepción del convoy UC1 que había sido avistado por el U522 al Noroeste de Madeira. Al atardecer del día 23 el U558 hundiría al petrolero SS.Empire Norseman (británico 9.811tn) a 500 millas al Sur de las Azores. Este petrolero había sido alcanzado poco antes por el U202.
Sobre el día 1 de Marzo el U558 y otros cuatro uboote del Grupo Rochen serían reabastecidos por el U461 al Suroeste de las Azores. Tras ser reabastecidos los uboote formarían una línea de patrulla Norte-Sur (Grupo Tümmle) que empezaría a dirigirse hacia el Este, hacia las islas Canarias, el día 5. Los uboote continuarían ese rumbo hasta el día 12 cuando ya se encontraban entre las islas Canarias y la costa de Marruecos.
El día 11 sería avistado un pequeño convoy pero navegaba muy rápido y estaba fuertemente escoltado. El Grupo Tümmler se dirigiría hacia el Noreste para interceptar al convoy Ugs6 que se encontraba a unas 1.500 millas de distancia.
El Grupo no llegaría a contactar realmente con el convoy. El día 17 el U558 lanzaría un abanico de cuatro torpedos sobre el convoy al Este de las Azores pero fallaron todos. A partir del día 18 la fuerte escolta aérea, procedente de Gibraltar, obligaría a finalizar la operación el día 19. En la persecución que duró ocho días fueron hundidos cuatro buques. El día 24 los uboot U558, U43 y U202 serían reabastecidos por el U109 para iniciar el regreso a la base.
El U558 llegaría a Brest el día 29 de Marzo de 1943.

10ª Patrulla
Zarpa de Brest el 8 de Mayo de 1943 para operar en el Atlántico.
A partir del día 18 el U558 formaría parte del Grupo Oder, formado en la zona Central del Atlántico Norte, para operar contra el convoy HX238. El convoy pasaría muy al Norte del Grupo Oder y los uboote del Grupo Oder pasarían a formar parte del Grupo Mosel creado el día 21 a 400 millas al Sur de Cape Farewell para interceptar al convoy HX239. Había informes que situaban al convoy cerca de Newfounland con rumbo Este.
El convoy sería avistado el día 22 por el U305 pero a causa de los ataques de los aviones de escolta no le fue posible mantener el contacto. Los intentos por localizar al convoy eran abortados por la aviación, varios uboote fueron atacado y dañados. El U569 y el U752 resultarían hundidos. La operación finalizaría el día 23 sin haber localizado al convoy HX239.
El Grupo Mosel se dirigiría a una zona situada al Suroeste de las Azores. Las operaciones contra los convoys en el Atlántico Norte serían suspendidas por el BdU a causa de las graves pérdidas de uboote sufridas el mes de Mayo de 1943 (periodo conocido como Mayo Negro). Todas las operaciones se centrarían en los convoys entre los Estados Unidos y Gibraltar antes de que estuvieran al alcance de los escoltas aéreos procedentes de Gibraltar.
A partir de los uboote reunidos al Suroeste de las Azores se formaría el Grupo Trutz la noche del 30 al 31 de Mayo para interceptar a los convoys UGS9 y GUS7a. La línea se situaría en los 43º Oeste y patrullaría entre los 32 y los 38º Norte. El día 4 de Junio los tres uboote situados más al Sur en la línea de patrulla serían atacados por aviones procedentes de un portaviones de escolta, este portaviones debía formar parte de la protección de un convoy.
Los uboote se agruparían para evitar que el convoy se escapara. El día 5, al no aparecer ningún convoy, se pensó que el mismo había pasado al Norte o al Sur de la línea de patrulla.
El Grupo se separaría y los uboote se dirigirían 600 millas hacia el Norte para ser reabastecidos por el U488. El convoy UGS sería avistado por un uboot, que regresaba a la base, el día 8 a 100 millas al Sur de la línea de Patrulla que ocupaba el Grupo Trutz el día 5. Los uboote se habían precipitado a la hora de dirigirse a la zona de reabastecimiento. El reabastecimiento finalizaría el día 15 y los uboote formarían tres líneas de patrulla Norte-Sur (Trutz-1, 2 y 3) a 1.000 millas al Este de Bermuda. El U558 estaba situado en la línea de patrulla Trutz-1.
Entre los días 16 y 22 de Junio los uboote estuvieron a la espera de dos nuevos convoys. Al no divisarlos las líneas de patrulla se dirigirían hacia el Este hasta el día 27 cuando se detendrían a 200 millas al Suroeste de las Azores. El día 29 se supo que los Convoys GUS-8, UGS-10 y GUS-8ª habían esquivado las líneas de patrulla.
A partir del 2 de Julio se crearían tres nuevas líneas de patrulla, Geier-1, 2 y 3. Los uboote U558 y U221 no formarían parte de estas líneas de patrulla ya que se dirigirían hacia Portugal.
El día 15 el U558 sería atacado por un avión Wellington del escuadrón 179 a la altura de Cabo Roca. El avión sería rechazado por la artillería antiaérea del U558, el U558 se sumergiría y huiría. El U558 sería atacado de nuevo el día 17 y dañado por un avión Wellington del escuadrón 224 (W/Cdr A.E.Clouston).
El día 20 de Julio el U558 sería hundido al Noroeste de Cabo Ortegal por las cargas de profundidad de un avión Liberator del escuadrón 19 de la USAF (Lt C.F.Galimeier) y un Halifax del escuadrón 58 (F/Lt G.A.Sawtell).
Morirían 45 tripulantes del U558 y el comandante, el ingeniero jefe y dos marineros serían capturados.
La posición del hundimiento del U558 fue 45º10’N 09º24’W.

Los supervivientes serían localizados el día 24 por un avión Liberator del escuadrón 224 y serían capturados al día siguiente por el Destructor HMCS.Athabascan.