3 Patrullas. Ningún buque hundido. 1 Destructor hundido (1.200 tn)

1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 22 de Enero de 1944 y llega a Marviken el 23 de Enero de 1944.

2ª Patrulla
Zarpa de Marviken el 26 de Enero de 1944 hacia el Atlántico Norte.
El U546 formaría parte del Grupo Igel-1, creado el día 3 de Febrero al Noroeste de Escocia. Los uboote operarían en solitario al Sureste de Islandia hasta el día 10 cuando se desplegarían hacia el Oeste. En cooperación con la aviación se tenía previsto atacar a un convoy ONS.
La aviación localizaría el día 14 a los convoys ONS29, ON224 y OS68 al Oeste del Canal del Norte. Todos los uboote que se encontraban al Oeste de las islas Británicas, incluidos los integrantes de los Grupos Igel-1 y 2 se agruparían a 600 millas al Suroeste de Irlanda y formarían dos líneas de patrulla paralelas, Hai-1 y Hai-2. Las líneas de patrulla quedarían desplegadas el día 18 por delante del convoy. Poco después se descubriría que los convoys habían puesto el día 17 rumbo Sur y que se encontraban, por lo tanto, al Sur de los uboote. Los uboote recibirían órdenes de dirigirse hacia el Sur, navegando en la superficie a toda máquina de noche y sumergido de día con la esperanza de interceptar a los convoys el día 19. Ese día sólo serían avistados algunos Destructores. La operación finalizaría ese mismo día y los uboote permanecerían sumergidos para evitar a los aviones procedentes del portaviones HMS.Striker.
Los Grupos Hai se disolverían y los uboote formarían un nuevo Grupo, el Preussen. El U546 patrullaría en solitario cerca de Islandia sin resultado.
El U546 llegaría a su nueva base en Lorient el día 23 de Abril de 1944.

3ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 15 de Junio de 1944 y regresa el 22 de Junio de 1944.

4ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 25 de Junio de 1944 hacia el Atlántico Central.
El U546 patrullaría a la altura del la costa Oeste Africana y al Norte de Dakar entre los días 24 de Julio y 30 de Agosto sin éxito.
A partir de primeros de Octubre el U546 realizaría funciones de uboot meteorológico en el Atlántico Norte.
El U546 llegaría a Flensburg el día 11 de Noviembre de 1944.

5ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 11 de Marzo de 1945 hacia aguas Norteamericanas.
El U546 junto a otros cinco uboote , que partían de patrulla, formarían a partir del día 14 de Abril el Grupo Seewolf y quedarían situados al Norte de las Azores. Los uboote debían patrullar a través de las rutas de los convoys en el Atlántico Norte con la intención de alejar de las aguas costeras Británicas a los Grupos de Ataque Navales.
El día 23 el U546 sería localizado en la superficie al Sureste de Cape Farewell por un avión del VC-19 (Lt-Cdr W.W.South) procedente del portaviones USS.Bogue. El ataque realizado por el avión no tendría éxito.
Se iniciaría la búsqueda del sumergible por parte de los aliados y a la mañana siguiente el Destructor USS.Frederick C.Davis localizaría con sus hidrófonos al U546 iniciándose el juego del rato y del ratón. El U546 torpedearía y hundiría al USS.Frederick C.Davis.
El U546 sería detectado sumergido debajo de los restos del Destructor, que se hundía lentamente, por el Destructor USS.Flaherty (Lt-Cdr H.C.Dufe), el U546 sería acosado y atacado durante cerca de diez horas por parte de la escolta del USS.Bogue. Con graves averías el U546 emergería y lanzaría un torpedo contra el USS.Flaherty errando el blanco. Cuatro buques de guerra abrirían fuego contra el sumergible que cesaría al cabo de nueve minutos cuando era ya obvio que el U546 se estaba hundiendo.
El Comandante y cuatro tripulantes del U546 serían capturados por el USS.Flaherty, otros 28 serían capturados por otros buques.
Morirían 24 tripulantes del U546.
La posición del hundimiento del U546 fue 53º53’N 40º07’W.

Dos oficiales y cinco suboficiales del U546 serían sometidos a duros interrogatorios para, esclarecer si eran ciertos los rumores de que el U546, y otros uboote del grupo Seewolf, portaban misiles.
El comandante del U876 el KL.Friedrich Steinhoff (también del grupo Seewolf) se suicidaría a causa de las presiones sufridas en los interrogatorios.