3 Patrullas. 1 buque hundido (1.517tn) 2 dañado.

1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 4 de Septiembre de 1943 y llega a Bergen el 7 de Septiembre de 1943.

2ª Patrulla
Zarpa de Bergen el 14 de Septiembre de 1943 hacia el Atlántico Norte.
El U539 formaría parte del Grupo Rossbach, creado el día 27 al Sureste de Cape Farewell, para operar contra el convoy ON203. La línea de patrulla se dirigiría unas 100 millas hacia el Noreste y permanecería en esa posición hasta el día 30, no se divisaría ni al convoy ON203 ni al siguiente convoy, el ONS19. Ambos pasarían al Norte de la posición de los uboote del Grupo Rossbach.
El Grupo Rossbach se dirigiría el día 1 de Octubre hacia el Noreste y tomaría posiciones al Suroeste de Islandia con la intención de interceptar al convoy ON204. El día 4 el U539 rechazaría el ataque de un avión Hudson del escuadrón 269 y abatiría a un avión Liberator del escuadrón 120 (W/Cdr R.M. Longmore, comandante en jefe del escuadrón 120). El Liberator antes de ser abatido arrojaría seis cargas que no alcanzarían al sumergible.
A partir del día 5 se supo que el convoy ON204 había logrado esquivar a los uboote y que la persecución era una perdida de tiempo. El Grupo Rossbach se dirigiría hacia el Suroeste para formar una nueva línea de patrulla e intentar localizar a los convoys SC143 y HX259, se tenía previsto interceptarlos el día 8.
El día 7 por la tarde se divisarían dos destructores y se asumió que un convoy se encontraba cerca y se realizaría una búsqueda del mismo. Aunque se divisarían a otros destructores con rumbo Noreste el convoy no sería avistado. La operación finalizaría el día 9 y el Grupo Rossbach se disolvería.
El U539 llegaría a su nueva base en Lorient el 23 de Octubre de 1943.

3ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 29 de Diciembre de 1943 y regresa el 30 de Diciembre de 1943.

4ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 2 de Enero de 1944 hacia el Atlántico Norte.

El U539 llegaría a St.Nazaire el 21 de Marzo de 1944.

5ª Patrulla
Zarpa de St.Nazaire el 1 de Mayo de 1944 para operar en el Caribe.
El día 2 de Junio, al emerger al Norte de Puerto Rico, el U539 sería localizado y atacado por un avión USN.Mariner del Vp-204 (Lt J.G.Tomkins). El sumergible escaparía sin daños. El día 5 el U539 hundiría al SS.Pillory (panameño 1.217tn) a la altura de Isabela, tras este hundimiento el uboot sería atacado por aviones y por buques de superficie aunque no sufriría demasiados daños. Probablemente el U539 entraría en el caribe a través del paso de Mona.
El día 10 por la tarde el U539 informaría del torpedeamiento de un petrolero al Sur de Curaçao, no hay confirmación de ello. El día 11 atacaría sin resultado, torpedeándolo y cañoneándolo, al petrolero SS.Casandra (holandés 2.701tn). El petrolero ametrallaría al U539 causándolo varios desperfectos que sería finalmente alejado de la zona por un avión Mariner del VP-204. El U539 informaría el día 4 de Julio del torpedeamiento a cuatro petroleros al Norte de Nombre de Dios, Panamá, dañando al Kittanning (americano 10.195tn). El Kittanning llegaría a puerto ayudado por un Cutter de la USCG (Guardia Costera).
El U516 también se encontraba operando en el Caribe y a finales de Julio los dos sumergibles abandonarían su zona de operaciones con instrucciones de dirigirse, en el caso de que se lo ordenaran, hacia Noruega. A mediados de Agosto los dos uboote se encontraban cerca de Cabo Ortegal. El bloqueo del Golfo de Vizcaya evitaba que pudieran dirigirse a bases francesas y ambos uboote se dirigirían hacia Noruega. El U539 sería reabastecido por el U858, que se encontraba realizando funciones de uboot meteorológico, a primeros de Septiembre a unas 400 millas al Suroeste de Islandia.
El U539 llegaría a Bergen el 17 de Septiembre de 1944 y seguidamente se dirigiría a Flensburg donde llegaría el 22 de Septiembre de 1944.

6ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 13 de Abril de 1945 y llega a Horten el 20 de Abril de 1945.

7ª Patrulla
Zarpa de Horten el 26 de Abril de 1945.

Al recibir la orden de rendición el U539 se encontraba patrullando y sería rendido el 9 de Mayo de 1945 en Bergen. El día 30 de Mayo de 1945 el U539 zarpa de Bergen hacia Loch Ryan.

El U539 fue un de los 116 uboote hundidos por la Royal Navy en la operación Deadlight. A primeros de Diciembre sería remolcado a través del Canal del Norte por el remolcador HMS.Saucy.
El día 4 de Diciembre de 1945 el U539 se hundiría mientras era remolcado al Noroeste de Malin Head.
La posición del hundimiento del U539 fue 55º38’N 07º57’W.