5 Patrullas, 15 buques hundidos (76.714 tn) 3 dañados.

28/05/42

3ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 6 de Abril de 1942 hacia aguas Estadounidenses.
Desde finales de Abril el U506 operaría a la altura de la costa de Florida. El 3 de Mayo hundiría al SS.Sama (nicaragüense 567tn) a la altura de Fort Lauderdale. Pocos días después el U506 se adentraría en el Golfo de Méjico. El U506 sería el segundo uboot en operar en el Golfo de Méjico, el primero fue el U507 unos días antes (6 de Mayo).
El día 10 al Sur de Grand Isle, el U506 lanzaría dos torpedos que impactarían en el petrolero MV.Aurora (americano 7.050tn). El U506 emergería y empezaría a cañonearlo, el MV.Aurora estaba detenido y su tripulación empezaba a abandonarlo. El Petrolero no se hundiría y fue más tarde remolcado a Algiers (lousiana). El MV.Aurora sería reparado y volvería a navegar bajo el nombre de Jamestown.
El día 13 y el día 14 el U506 hundiría a otros dos petroleros, concretamente al SS.Gulfpenn (americano 8.862tn) y al SS.David McKelvy (americano 6.821tn). El SS.David McKelvy permanecería a flote ardiendo y pocos días después embarrancaría en la costa de Louisiana. Sería declarado ruina total.
El día 16 el U506 atacaría y dañaría a dos petroleros, el SS.William C.McTarnahan (americano 7.302tn) y al MV.Sun (americano 9.002tn). El SS.William C.McTarnahan sería remolcado a Mobile y tras ser reparado volvería a operar bajo el nombre de St.James. En la misma zona el día 17 el U506 hundiría al SS.Gulf Oil (americano 5.189tn).
El U506 se dirigiría hacia el Oeste y el día 19 hundiría al SS.Heredia (americano 4.732tn) al Sur de las Isles Dernières y el día 20 al petrolero SS.Halo (americano 6.986tn) al Sur de Timbalier Bay. El U506 pasaría por los estrechos de Florida y pondría rumbo al Atlántico. El día 28 hundiría al SS.Yorkmoor (británico 4.457tn) al Noreste de las Bahamas y el día 31 hundiría al SS.Fred W.Green (británico 2.292tn) al Sureste de Bermuda.
El U506 llegaría a Lorient el 15 de Junio de 1942.

4ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 28 de Julio de 1942 hacia el Atlántico Norte.
El U506 operaría inicialmente al Suroeste de Freetown y el día 21 de Agosto hundiría al SS.City of Wellington (británico 5.733tn). El día 23 hundiría al Sur de Freetown, a un mercante que navegaba en solitario, concretamente al SS.Hamla (británico 4.416tn). El día 5 de Septiembre hundiría al MV.Myrmidon (británico 6.278tn) al Sur de Costa de Marfil y el día 13 hundiría al MV.Lima (sueco 4.959tn) al Suroeste de Monrovia.

El día 12 de Septiembre el U156 hundiría al transporte de tropas Laconia al Noreste de la isla de Ascensión. A parte de la tripulación y de pasajeros el Laconia transportaba a 1.800 prisioneros Italianos que eran trasladados de Sudáfrica a Inglaterra.
El comandante del U156 al darse cuenta de la situación decidió iniciar una operación de rescate y los uboot U506, U507 y el sumergible Italiano Capellini se dirigirían a la zona para ayudar.

El U506 llegaría la noche del 14 al 15 de Septiembre y rescataría a 132 italianos de los 263 que se encontraban en el U156. El día 16 por la mañana el U506 tenía a bordo a más de 200 supervivientes.

Las operaciones de rescate finalizarían cuando un avión Liberator apareció en la zona y atacaría a los sumergibles, en uno de los ataques en el que lanzó varias cargas, destruiría una lancha salvavidas llena de supervivientes. También dañaría al U156.
A pesar de las órdenes de no continuar con las operaciones de rescate los comandantes de los uboote continuaron con ellas. El día 17 el Crucero del Gobierno de Vichy Gloire y las Sloops Annamite y Dumont d’Urville se reunirían con los U506, U507 y Capellini para recoger a los supervivientes que estaban tanto en los sumergibles como en los botes.
El U506 sería atacado por un avión y escaparía realizando una inmersión de emergencia. A bordo tenía a 198 prisioneros. Tras 30 minutos el U506 emergería y continuaría transfiriendo a los pasajeros hacia el Annamite. Una vez completada la operación el U506 abandonaría la zona y regresaría a la zona de operaciones en Freetown. De los 2.732 tripulantes del Laconia 1.111 serían rescatados.

El B.D.U prohibiría que en un futuro se realizaran más operaciones de rescate (orden Laconia).

El día 30 de Septiembre el U506 hundiría al SS.Siam II (británico 6.637tn) al Suroeste de Monrovia. El día 11 de Octubre el U506 sería reabastecido por el U459 al Suroeste de Freetown.
El U506 llegaría a Lorient el 7 de Noviembre de 1942.

5ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 14 de Diciembre de 1942 hacia el Atlántico Central.
A partir del día 1 de Enero de 1943 el U506 estaba en una zona entre las Canarias y las islas de Cabo Verde. A mediados de Enero se uniría al U160, U182, U509 y U516 para formar el Grupo Seehund para operar en aguas Surafricanas.
Los días 29 y 30 los uboot U506, U509 y U516 serían reabastecidos por el U459 a 600 millas al Sur de Sta.Helena. Desde primeros de Febrero el Grupo Seehund operarían a la altura de Ciudad del Cabo.
A finales de Febrero el U506 estuvo patrullando cerca de la costa de Cabo Buena Esperanza. El día 7 de Marzo hundiría SS.Sabor (británico 5.212tn) y el día 9 al SS.Tabor (británico 4.768tn) ambos al Sur de Knysna.
El U506 iniciaría el viaje de regreso el día 19 de Marzo. En el trayecto se uniría al U160, U509 y al U516 y a primeros de Abril se dirigirían hacia el Norte, cruzando el Atlántico Central. A finales de abril los cuatro uboote serían reabastecidos por el U117 al Sur de las Azores.
El U506 llegaría a Lorient el 8 de Mayo de 1943.

6ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 6 de Julio de 1943 hacia el Atlántico Sur.
El U506 debía de formar parte del Grupo Monsun para operar al Sur del Cabo y en el Océano Índico.
El día 12 el U506 sería hundido por un avión Liberator del 1er A/S escuadrón de la USAF (Lt E.Salm) al Oeste de Vigo.
Morirían 48 tripulantes (incluido su comandante) y otros 6 serían capturados.
La posición del hundimiento del U506 fue 42º30’N 16º30’W.