12 Patrullas realizadas, 4 buques hundidos (34.068 tn) 3 dañados. 2 Cruceros dañados.

1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 15 de Agosto de 1942 para operar en el Atlántico.
El U407 formaría parte del Grupo Vorwärts, creado el día 27 al Oeste de Irlanda. El Grupo patrullaría hacia el Suroeste y el día 31 el U609, situado en el extremo Norte de la línea de patrulla, avistaría al convoy SC97. A medida que los otros uboote se aproximaban al convoy iban siendo rechazados por la escolta.
A la mañana siguiente (1 de Septiembre) aparecería el primer avión de la escolta aérea, a causas de la presencia de los aviones los uboote debieron permanecer sumergidos. El contacto con el convoy se perdería esa misma noche a causa de las acciones evasivas del convoy. La operación se anularía el día 2 por la mañana.
Dos días más tarde el Grupo Vorwärts se combinaría con el Grupo Stier para formar una nueva y larga línea de patrulla (Vorwärts) al Oeste de Irlanda a la espera del convoy ON127. El convoy pasaría por el extremo Sur de la línea de patrulla el día 9 por la tarde siendo divisado por el U584. El contacto con el convoy se perdería por la noche pero se recuperaría al amanecer del día 10. Se iniciarían los ataques, el día 13 la presencia de la escolta aérea se había intensificado con la llegada de aviones procedentes de Newfounland y la operación finalizaría el día 14 a causa de la mala visibilidad. El U407 atacaría sin éxito al convoy la noche del 12 al 13 de Septiembre.
En las operaciones contra el convoy ON127 fueron hundidos siete buques del convoy y una corbeta de la escolta, y quedaron dañados cuatro mercantes. La operación contra el convoy ON127 fue una de las pocas en que todos los uboote participantes como mínimo lanzarían un torpedo.
El Grupo Vorwärts fue reabastecido por el U461 al Noroeste de las Azores entre los días 16 y 18. Tras reabastecerse el Grupo se agruparía al Este de Newfounland el día 20 y el día 23 el convoy RB1 pasaría por el centro de la línea de patrulla siendo divisado por el U404. Este convoy lo formaban Vapores procedentes de los Grandes Lagos y con rumbo a Inglaterra. Los Vapores parecían transportar tropas.
Al Grupo Vorwärts se le unirían en el ataque algunos uboote del Grupo Pfeil. Tres Vapores y un Destructor británico de escolta fueron hundidos en los ataques. El U407 no llegaría a atacar al convoy pero el día 1 de Octubre atacaría sin éxito al RMS.Queen Mary.
El U407 llegaría a su nueva base en Brest el 9 de Octubre de 1942.

2ª Patrulla
Zarpa de Brest el 2 de Noviembre de 1942 hacia el Mar Mediterráneo.
El U407 era uno de los siete uboote que zarparía de las bases en el Golfo de Vizcaya para reforzar la presencia de uboote en el Mar Mediterráneo. Se les conocía como Grupo Delphin y cruzarían sin novedad el estrecho de Gibraltar entre los día 7 y 11 de Noviembre.
A primera hora del día 11 el U407 torpedearía al Transporte SS.Viceroy of Indian (británico 19.627tn) al Norte de Oran. El Transporte había desembarcado tropas en Algeria a primera hora del día 8 y regresaba a Gibraltar vacío. La mayoría de la tripulación sería recogida por le Destructor HMS.Boadicea quedando a bordo del Transporte una tripulación mínima. El Destructor empezaría a remolcar al Transporte pero empezaría a hundirse y la tripulación abandonaría al ya condenado Transporte.
El U407 llegaría a Pola el 26 de Noviembre de 1942.

3ª Patrulla
Zarpa de Pola el 17 de Enero de 1943.
El día 6 de Febrero el U407 y el U596 atacarían sin resultado al convoy MKS7 al Este de Oran. El U407 fallaría al atacar las Corbetas HMS.Nasturtium y HMS.Pentstemon.
El U407 llegaría a La Spezia el 26 de Febrero de 1943.

4ª Patrulla
Zarpa de La Spezia el 21 de Abril de 1943.
El U407 operaría a la Altura de Algeria.
El U407 llegaría a Nápoles el 8 de Mayo de 1943.

5ª Patrulla
Zarpa de Nápoles el 12 de Mayo de 1943.
El U407 llegaría a Toulon el 28 de Mayo de 1943.

6ª Patrulla
Zarpa de Toulon el 7 de Julio de 1943.
El U407 operaría contra el desembarco aliado en Sicilia. El día 23 torpedearía y dañaría al Crucero HMS.Newfounland al Sureste de Siracusa. El Crucero sería remolcado a Malta.
El U407 llegaría a Salamis el 30 de Julio de 1943.

7ª Patrulla
Zarpa de Salamis el 17 de Agosto de 1943 para operar la zona Este Mediterránea.
El U407 patrullaría la costa Palestina y Libanesa.
El U407 llegaría a Pola el 8 de Septiembre de 1943.

8ª Patrulla
Zarpa de Pola el 9 de Septiembre de 1943 y regresa el 12 de Septiembre de 1943.

9ª Patrulla
Zarpa de Pola el 11 de Septiembre de 1943.
El U407 patrullaría la costa Cirenaica (Libia). El día 28, al Oeste de Derna, torpedearía y dañaría al Crucero HMS.Birmingham. A pesar de los graves desperfectos y haciendo agua el Crucero lograría llegar por sus propios medios a Alejandría el día 30.
El U407 regresaría a Pola el 12 de Diciembre de 1943.

El día 9 de Enero de 1944 cinco tripulantes del U407 morirían en un raid aéreo sobre Pola (Oberleutnant (Ing) Heinz Weser, Leutnant zur See Eberhard Baumgart, Maschinenobergfreiter Rudolf Güttge, Maschinenobergefreiter Heinz Bönisch), otro tripulante resultaría herido.

10ª Patrulla
Zarpa de Pola el 29 de Enero de 1944.
El U407 patrullaría la zona Este Mediterránea. El día 27 de Febrero hundiría al pesquero Rod el Farag (egipcio 55tn) al Oeste de Beirut. El día 29 torpedearía y dañaría al buque cisterna MV.Ensis (británico 6.207tn) a la altura de al Ladhiqiyah (Siria).
El U407 llegaría a Salamis el 12 de Marzo de 1944.

12ª Patrulla
Zarpa de Salamis el 21 de Agosto de 1944.
Tras ser equipado con el Sistema Schnorkel el U407 patrullaría de nuevo la zona de Derna y Benghazi.
El U407 regresaría a Salamis el 4 de Septiembre de 1944.

13ª Patrulla
Zarpa de Salamis el 9 de Septiembre de 1944.
Cuando regresaba de patrulla el día 18 por la tarde, el Destructor Polaco Garland detectaría el humo del Schnorkel del U407. El Destructor realizaría un ataque con Hedgehog (erizos) aparentemente sin resultado, el contacto con el uboot se perdería.
Los Destructores HMS.Troubridge (Capt C.L.Firth) y HMS.Terpsichore (Cdr A.C. Bohague) se unieron al Destructor Polaco en la búsqueda del U407. El U407 sería localizado navegando sumergido a poca velocidad hacia el Norte. Sería perseguido durante diez horas y sometido a diversos ataques con cargas de profundidad.
Finalmente el U407 emergería al amanecer al Sur de Milos. El U407 sería cañoneado mientras la tripulación abandonaba al uboot. El U407 sería finalmente hundido a la 5de la mañana.
Murieron 6 tripulantes del U407. El resto, 48, serían capturados.
La posición del hundimiento del U407 fue 36º27’N 24º33’W.

El U407 fue el último uboot en ser hundido en el Mar Mediterráneo.