8 Patrullas realizadas, 1 buque hundido (7.452 tn) 3 dañados

1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 4 de Abril de 1942 hacia Francia.
El U406 llegaría su nueva base en St.Nazaire el 19 de Abril de 1942.

2ª Patrulla
Zarpa de St.Nazaire el 5 de Mayo de 1942 hacia el Atlántico Norte.
El U406 junto a los uboote U94, U96, U124, U569 y U590 debían tomar parte en una operación en la zona de Newfounland Bank operando como Grupo Hecht.
Los uboote se encontraban de camino cuando el U569 avistaría el día 11 al convoy ONS92 en la zona central del Atlántico Norte. Los uboot U94, U124 y U569 atacarían al convoy la noche del 11 al 12 de Mayo. Fueron hundidos cinco buques del convoy. El U406 atacaría a una corbeta pero el torpedo lanzado era “dud”. El contacto con el convoy se perdería el día 13.
La línea de patrulla Hecht se formaría el día 14 por delante del convoy perdido pero el contacto no se recuperaría. Ese mismo día por la tarde el Grupo iniciaría un movimiento hacia el Noreste. El día 16 se detuvieron. Tras dos días el Grupo se dirigiría hacia el Suroeste. El día 20 el U406 avistaría al convoy ONS94, el U406 lo seguiría durante varias horas antes de ser alejado. El resto de uboote no lograrían localizar al convoy a causa de la niebla. Tras perder también al convoy ONS94 el Grupo Hecht se dirigiría a una zona de reabastecimiento a 600 millas al Sur de Cape Race. A partir del día 25 serían reabastecidos por el U116.
Tras ser reabastecido el Grupo se reagruparía el día 30 e iniciaría una patrulla de barrido en las zonas de paso de los convoys. Los uboote patrullarían inicialmente al Sur de Newfounland Bank antes de dirigirse a una zona situada a 600 millas al Sureste de Cape Farewell.
En el trayecto, el día 31, el U590 avistaría al convoy ONS96 pero el tiempo empezaría a empeorar y el convoy se dirigiría a Newfounland. La operación finalizaría el día 2 de Junio y los uboot continuarían hacia el Este.
La tarde del día 8 el U124 avistaría al convoy ONS100 en la zona central del Atlántico Norte y hundiría a una corbeta Francesa. El día 9 todos los uboote del Grupo Hecht contactarían con el convoy ONS100 pero los uboote U406, U96 y U590 no participarían en la operación a causa de unos problemas mecánicos. El contacto con el convoy se perdería y se recuperaría de nuevo el día 12. En total fueron hundidos 4 buques del convoy.
Tras la operación el Grupo Hecht continuaría hacia el Noreste. El día 16 el U94 localizaría al convoy ONS102. Se les ordenó atacarlo pero la escolta era muy dura y los uboote U94 y U590 resultaron dañados. La operación finalizaría el día 17 y los uboote del Grupo Hecht iniciarían el regreso a la base.
El U406 llegaría a St.Nazaire el 1 de Julio de 1942.

3ª Patrulla
Zarpa de St.Nazaire el 9 de Agosto de 1942 para operar en el Atlántico Central.
Los uboot U406, U214, U333, U566, U590, U594 y U653 zarparían con rumbo a la zona de Freetown. Llegarían al punto de encuentro, situado al Sureste de las Azores, el día 13. Antes de que llegaran el U653 avistaría al convoy SL118 que entraría en la zona de espera de los uboote el día 14. Los uboote empezaron a seguirlo pero los escoltas evitaron los ataques hasta el día 17 por la tarde. El día 17 por la tarde serían hundidos tres buques del convoy y otro quedaría dañado, el día 19 al mediodía el U406 hundiría al SS.City of Manila (británico 7.452tn). El aumento de la protección aérea hacía que los ataques fuera más difíciles. La operación finalizaría el día 20 al perderse el contacto con el convoy.
El U406 recibiría parte del combustible del U653 que iniciaba el regreso a la base tras resultar dañado en un ataque el día 18. Los uboot U406, U214 y U566 se dirigieron a una zona al Noreste de las Azores, donde se les uniría el U107 y formarían el Grupo Iltis el día 23 de Agosto. El Grupo pondría rumbo Sur y el día 26 el U214 avistaría al convoy SL119 al Oeste de Lisboa. El resto del Grupo Iltis y el Grupo Eisbär se dirigieron hacia el convoy. Al finalizar la operación el día 29 habían sido hundidos tres buques del convoy.
Del Grupo Iltis los uboot U406, U107 y U214 fueron los únicos que continuaron rumbo Sur y permanecieron a la espera al Oeste de Lisboa la llegada de los U87, U333 y U590. El día 9 de Septiembre los seis uboote pusieron rumbo Sur (Grupo Iltis) hacia Freetown. Luego se dirigieron hacia al Norte de las Islas de Cabo Verde. Al no encontrar nada el Grupo se separaría el día 24. Entre los días 25 y 27 el U406 sería reabastecido por el U460 para iniciar el regreso a la base.
El U406 llegaría a St.Nazaire el 8 de Octubre de 1942.

5ª Patrulla
Zarpa de St.Nazaire el 22 de Febrero de 1943 hacia el Atlántico Norte.
El U406 formaría parte del Grupo Neuland que estaba situado al Oeste de Irlanda. El día 7 de Marzo los uboote del Grupo Neuland situados más al Sur, incluido el U406, empezarían a moverse hacia el Oeste. El día 9 se dirigirían hacia el Norte a la búsqueda del convoy HX228 que pasaría al Sur del Grupo el día 10. Los ataques contra el convoy se iniciarían al anochecer del día 10. A primera hora del día 11 el U406 torpedearía y probablemente dejaría dañado al SS.Jamaica Producer (británico 5.464tn). Este mercante quedaría dañado tras una explosión interna y sería remolcado a puerto. En las operaciones contra el convoy HX228 serían hundidos 4 buques y un destructor de la escolta.
El día 13 el U406 junto a otros ocho uboote del Grupo Neuland formaría el Grupo Dränger y se situaron al Oeste de Irlanda para operar contre el convoy HX229. El día 16 por la mañana el U653 divisaría a un convoy, se creía que era el SC122. A los Grupos Dränger, Stürmer y Raubgraf se les ordenaría atacarlo. El Grupo Raubgraf sería el primero en contactar con el convoy, ese mismo día aparecería un segundo convoy que navegaba paralelo al primero pero más rápido. Entonces se descubrió que el convoy que estaban atacando no era el SC122 si no el esperado HX229.
Se produciría la mayor operación contra un convoy de la Segunda Guerra Mundial, con más de cuarenta uboote implicados, serían hundidos 21 buques aliados. Aparentemente el U406 no tomaría parte en los ataques.
El día 21 el U406 facilitaría combustible al U221 para que pudiera regresar a la base.
El U406 llegaría a Bordeaux el 30 de Marzo de 1943.

6ª Patrulla
Zarpa de Bordeaux el 25 de Abril de 1943 para operar en el Atlántico.
El U406 formaría parte del Grupo Drossel que formaría una línea de patrulla al Noroeste de Cabo Finisterre. El día 3 de Mayo un avión de reconocimiento localizaría a un convoy, cuando el Grupo avisto al convoy vieron que era un convoy formado por 15 lanchas de desembarco. Debido a las características de las lanchas (casco plano) no era posible atacarlas y la operación finalizaría. El día 5 de Mayo el U460 sería embestido por el U600 resultando ambos uboote dañados. A causa de los daños tanto el U406 como el U600 tendrían que regresar a la base.
El U406 llegaría a St.Nazaire el 11 de Mayo de 1943.

8ª Patrulla
Zarpa de St.Nazaire el 20 de Noviembre de 1943 y regresa el 22 de Diciembre de 1943.

9ª Patrulla
Zarpa de St.Nazaire el 25 de Diciembre de 1943 y regresa el 27 de Diciembre de 1943.

10ª Patrulla
Zarpa de St.Nazaire el 29 de Diciembre de 1943 y regresa el 31 de Diciembre de 1943.

11ª Patrulla
Zarpa de St.Nazaire el 5 de Enero de 1944 hacia el Atlántico Norte.
El U406 formaría parte del Grupo Rügen formado por 18 uboote que operarían individualmente en áreas determinadas al Oeste de Irlanda. A partir del día 26 el U406 junto a otros doce uboote del Grupo Rügen formaron el Grupo Stürmer y se situaron al Noroeste del Canal del Norte a la espera de algún convoy ONS.
La aviación alemana localizaría al convoy ON221 el día 27. Problemas técnicos evitarían la correcta orientación de los uboote por parte de la aviación. El convoy no sería encontrado.
La operación finalizaría el día 29 por la mañana, poco después se recibirían noticias de una supuesta invasión del Oeste de Francia. Todos los Uboote situados en el Atlántico Norte recibieron órdenes de dirigirse a toda máquina al Golfo de Vizcaya. Poco después se identificaría a la “flota invasora” como a un Grupo de Traineras Españolas. Tras la falsa alarma los uboote iniciaron el regreso a su zona de operaciones.
El día 31 el Grupo Stürmer estaba de nuevo situado al Noroeste del Canal del Norte. A primeros de Febrero aumentarían su presencia en la zona y el Grupo Stürmer empezaría a dirigirse hacia el Oeste.
El U406 se uniría, a partir del día 3 de Febrero, al Grupo Igel-1 situado al Oeste de Irlanda. Los uboote del Grupo operarían individualmente al Sureste de Islandia entre los día 4 y 10 iniciando un movimiento hacia el Oeste. La aviación divisaría al convoy ONS29 el día 14 al Oeste del Canal del Norte. Todos los uboote situados al Oeste de las Islas Británicas se agruparon a 600 millas al Suroeste de Irlanda para formar dos líneas de patrulla, Hai-1 y Hai-2, por delante del convoy. El convoy ONS29 viraría al Sur el día 17 y los Grupos Hai se dirigieron al Sur para interceptarlo.
El día 18 por la tarde el U406 se encontraba cerca del convoy cuando sería localizado, atacado y hundido en los ataques con cargas de profundidad y artilleros realizados por la Fragata HMS.Spey (Cdr H.G. Boys-Smith) al Noreste de las Azores.
Morirían 12 de los 41 tripulantes del U406, los 41 supervivientes serían capturados.
La posición del hundimiento del U406 fue 48º32’N 23º36’W.

En su última patrulla el U406 estaba equipado con un radar experimental. Para probar el nuevo sistema iba a bordo un experto electrónico, el Dr. Karl Greven y dos ayudantes.
El Dr.Karl Greven llevaba los anillos indicativos del rango de color plata, los de los oficiales navales son Dorados.
En la Kriegsmarine había un dicho que decía “cuando unos anillos plateados suben a bordo nos hundimos seguro” (traducción literal).
Tanto el Dr.Karl Greven como sus ayudantes sobrevivieron.