1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 31 de Mayo de 1944 y llega a Stavanger el 2 de Junio de 1944.
A inicios de 1944 el Alto Mando Naval alemán creía en la posibilidad de una invasión aliada del Sur de Noruega o de Dinamarca. Se creo el Grupo Mitte el 16 de Febrero de 1944, este Grupo permanecería a la espera al Sur de Noruega, cuatro en Bergen, cuatro en Kristiansand y dos en Stavanger. En Marzo de 1944 el Grupo pasó de diez a veintidós uboote .
El día 6 de Junio tras el desembarco aliado en Normandía el Grupo se separaría.
2ª Patrulla
Zarpa de Stavanger el 8 de Junio de 1944 formando parte del Grupo Mitte para formar una línea de patrulla entre Trondheim y Lindesnes.
A los uboot se les ordenó permanecer sumergidos y permanecer en la superficie solamente el tiempo necesario para recargar las baterías para evitar la curiosidad de los aviones aliados. Dos uboote del Grupo Mitte serían hundidos por la aviación enemiga. Tras desaparecer la amenaza de una invasión aliada de Noruega el Grupo se disolvería.
El U397 llegaría a Stavanger el 25 de Junio de 1944.
3ª Patrulla
Zarpa de Stavanger el 28 de Junio de 1944 y llega a Kiel el 4 de Julio de 1944.
El U397 no participaría en más patrullas de combate.
Desde primeros de Julio ocho uboote que habían formado parte del Grupo Mitte servirían como uboot de adiestramiento en la 23 y en la 24.U-Flottille. Sus tripulaciones serían transferidas a uno de los nuevos Tipo XXI.
El U397 estuvo destinado a la 23.U-Flottille hasta Marzo de 1945 y entonces formaría parte de la 31.U-Flottille hasta el 5 de Mayo de 1945.
Fue barrenado en la bahía de Geltinger para evitar que fuera capturado por los aliados.
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