1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 13 d Septiembre de 1944 y llega a Bergen el 18 de Septiembre de 1944.
2ª Patrulla
Zarpa de Bergen el 9 de Octubre de 1944 para operar en el Canal de la Mancha.
De trayecto hacia su zona de patrulla, el U1006 sería localizado el día 16 al Suroeste de las Faroes, por las fragatas HMCS.Annan (Lt-Cdr C.P.Balfrey). A causa de las cargas de profundidad el U1005 sufriría importantes daños. Al parecer el HMCS.Annan creyó que el objeto localizado no era un sumergible y regresaría al 6th EG (grupo de ataque). Otra fragata, la HMS.Loch Achanalt localizaría de nuevo al U1005 y el HMCS.Annan se uniría al ataque. El U1005 lanzaría un torpedo al HMCS.Annan pero no lo alcanzaría. El U1005 navegaba en la superficie y se iniciaría un desigual combate artillero.
Morirían seis tripulantes del U1005, el comandante y otros 43 tripulantes serían capturados.
La posición del hundimiento del U1005 fue 60º59’N 04º49’W.
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