6 Patrullas, buques hundidos 26 (126.187 tn) 5 dañados

1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 5 de Julio de 1941 para operar en la zona central del Atlántico Norte.
Al no divisar casi nada el U126, junto a otros uboot que se encontraban en la misma zona, se dirigieron hacia el Este. El día 17 un avión Kondor del 1/KG40 localizó al convoy OB346 al Noroeste del Canal del Norte. Este convoy logró evitar a una pequeña línea de patrulla el día 19 y a otra el 20, esta última formada por 13 uboote (incluido el U126). Sólo fueron dañados dos buques (por los U95 y U203) que no formaban parte del convoy la mañana del día 20 al Suroeste de Irlanda.
El día 24 al U126 y a otros uboot, que estaban operando al Oeste de Irlanda, se les ordenó dirigirse al encuentro del convoy OG69. Los primeros uboot llegaron a la posición del convoy la noche del 25 al 26 de Julio. El U126 no pudo atacar al convoy hasta el día 27 por la mañana cuando, hundiría a dos buques al Oeste de La Coruña (España), fueron el SS.Erato (británico 1.335tn) y el SS.Inga I (noruego 1.304tn). El U126 informó haber alcanzado a otros dos buques en el mismo ataque pero no hay confirmación de ello. Las operaciones contra el convoy OG69 finalizó el día 30 con un total de siete buques hundidos.
El día 4 de Agosto el U126 se encontraba al Este de las Azores cuando hundiría al barco pesquero Robert Max (británico 172tn) a cañonazos. A partir del día 6 de Agosto el U126 y otros uboote se concentraron entre las Azores y Gibraltar a la espera del convoy HG69 que debía zarpa de Gibraltar el día 9. El convoy fue divisado por el U79 el día 10 pero los escoltas evitaron que se produjeran ataques. La operación contra el convoy HG69 finalizó el día 16.
El día 14 de Agosto el U126 torpedearía y hundiría a un mercante que navegaba en solitario al Oeste de Oporto, era el SS.Sud (yugoslavo 4.589tn). Este buque había sido cañoneado cuatro horas antes por el sumergible Italiano Marconi que no logró hundirlo.
El U126 llegaría a su nueva base de Lorient el 24 de Agosto de 1941.

2ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 24 de Septiembre de 1941 para operar en el Atlántico Central, en la zona de Freetown.
En el trayecto el U126 hundiría al SS.Nailsea Manor (británico 4.926tn) a primera hora del día 10 de Octubre al Noroeste de las Islas de Cabo Verde. A bordo del SS.Nailsea Manor era transportada la lancha de desembarco británica HMS.LCT-102 (450tn) que también se hundiría. El U126 alcanzaría su área de operaciones el día 19 (al Suroeste de Freetown). En esa zona hundiría al SS.Lehigh (americano 4.983tn) el día 19 de Octubre y a la mañana del día siguiente torpedearía al buque cisterna SS.British Mariner (británico 6.996tn) al Oeste de Freetown.
Tras ser torpedeado, la tripulación del SS.British Mariner lo abandonaría pero, al no hundirse lo abordaría de nuevo y sería remolcado hasta Freetown donde sería declarado siniestro total.
El día 13 de Noviembre el U126 hundiría al MV.Perú (británico 6.961tn) al Suroeste de Monrovia. Tras esto el U126 se internó en el Atlántico Sur para reunirse con el buque mercante corsario alemán Schiff16/Atlantis el día 22 al Noroeste de Ascensión para reabastecerse.
La mañana del 22 mientras se estaban realizando las operaciones de reabastecimiento se divisó al Crucero HMS.Devonshire, el Crucero lanzó un avión de reconocimiento. El U126 soltó la manguera que le estaba reabasteciendo de combustible y cortó el cabo de amarre que le unía con el buque alemán y se sumergió al mando de uno de sus oficiales ya que el comandante del U126 (KL.Ernst Bauer) se encontraba desayunando a bordo del Atlantis.
El uboot se mantuvo cerca por si se aproximaba el Crucero británico y de este modo poder torpedearlo. No obstante el Crucero Británico se dió cuenta que el Atlantis no era un simple mercante y abrió fuego desde una distancia de diez millas. El Atlantis fue hundido rápidamente y el HMS.Devonshire se alejó del lugar.
El U126 emergió y dividió a los supervivientes en tres grupos. 55 de ellos, incluidos los heridos permanecerían en el interior del uboot. 52 tripulantes con chalecos salvavidas permanecerían en la cubierta y los 201 restantes serían repartidos en cuatro botes salvavidas y, dos lanchas motoras y fueron remolcadas por el U126. Los grupos eran regularmente cambiados de ubicación. La noche del 23 al 24 de Noviembre el U126 se reunió con el mercante alemán Python y le transfirió a los supervivientes del Atlantis. Tras esto el U126 inició el regreso a la base.
El U126 llegaría a Lorient el 13 de Diciembre de 1941.

4ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 25 de Abril de 1942 para operar en el Atlántico Central.
Los uboot U126, U128 y U161 se dirigieron juntos hacia el Sur. El día 11 de Mayo localizaron al convoy SL109 a unas 220 millas al Noreste de las Islas de Cabo Verde. Los uboot siguieron al convoy y la noche del 12 al 13 se iniciaron los ataques. El U128 hundiría a un mercante, la operación finalizó el día 14. Los tres uboot continuaron hasta llegar al Norte de Brasil.
El día 3 de Junio el U126 hundiría al buque cisterna MV.Höegh Giant (noruego 10.990tn) al Norte de Sao Luis (Brasil), se divisaron pocos buques en la zona y los tres uboote se dirigieron hacia el Norte, hacia el Caribe. A primera hora del día 15 el U126 hundiría al velero Dutch Princess (británico 125tn) a la altura de Cayo Roncador.
El U126 estuvo operando en el Caribe Este, a la altura de las Antillas Lesser (antillas menores). El día 16 hundiría al SS.Arkansan (americano 6.997tn) y al SS.Kahuku (americano 6.062tn), ambos al Oeste de Grenada. El día 27 el U126 hundiría al petrolero MV.Leiv Eriksson (noruego 9.952tn) al Suroeste de Bridgetown (Barbados). En la misma zona el día 29 el U126 hundiría al Velero Mona Marie (británico 126tn) a cañonazos.
El U126 iniciaría el viaje de regreso, saliendo del Caribe hundiría el día 1 de Julio al SS.Warrior (americano 7.551tn) al Sur de Tobago, también dañaría al buque cisterna SS.Gulfbelle (americano 7.104tn) al Este de Tobago el día 3 de Julio.
A mediados de Julio el U126 fue reabastecido por el U460 al Norte de las Azores. El día 18 por la mañana el U126 divisó al convoy OS34, no pudo atacarlo ya que ya había gastado todos sus torpedos, el U126 avisó de la presencia del convoy al U564 que hundiría a dos buques. El U126 permanecería en contacto con el convoy hasta el día 19.
El U126 regresaría a Lorient el 25 de Julio de 1942.

5ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 19 de Septiembre de 1942 para operar en el Atlántico Sur.
El U126 se dirigió al Sur acompañado del U161, para realizar un reconocimiento del Golfo de Guinea y del Delta del Congo enviando informes de la actividad naval en la zona.
A primeros de Octubre fueron reabastecidos en la zona de Freetown posiblemente por el U459. El día 12 de Octubre el U126 contacto con un convoy al Sur de Cape Palmas. Cuando se disponía a atacar fue localizado y atacado por los escoltas que le obligaron a sumergirse a gran profundidad. El U126 llegó hasta los 240 metros de profundidad, una de las mayores profundidades alcanzadas por un tipo IX. Lograría escapar.
El U126 y el U161 permanecieron en el estuario del Congo entre los día 20 y 29 de Octubre. Se divisaron muy pocos buques, entonces se dirigieron hacia el Norte, al Golfo de Guinea. El día 1 de Noviembre el U126 hundiría al SS.George Thacher (americano 7.176tn) al Suroeste de Takoradi, el día 4 hundiría al SS.Oued Grou (británico 792tn) y el día 5 al SS.New Toronto (británico 6.586tn) al Sur de Porto Novo (Dahomey).
A primeros de Diciembre el U126 y el U161 fueron reabastecidos por el U461 al Norte de St.Paul Rocks, tras esto, estuvieron patrullando al Norte de Natal (Brasil). A mediados de Diciembre iniciaron el regreso a la base.
El U126 llegaría a Lorient el 7 de Enero de 1943.

6ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 20 de Marzo de 1943 para operar en la zona de Freetown.
El U126 formaba parte de un grupo de cinco uboote que llegaron a su zona de operaciones entre la última semana de Marzo y la primera de Abril.
A mediados de Abril el U126, U105 y U154 se dirigieron a una zona situada al Sur de Liberia, pero los informes sobre una gran actividad naval no eran correctos. A partir del día 21 se dirigieron al Sureste de St.Paul Rocks pero tampoco divisaron nada. El U126 y el U105 se dirigieron a Freetown a primeros de Mayo y el U154 se dirigió a la costa de Brasil. El U126 y el U105 fueron reabastecidos por el U460 el día 20 de Mayo al Oeste de Freetown. El día 30 el U126 torpedearía y dañaría al SS.Flora MacDonald (americano 7.177tn) al Sur de Freetown, este buque fue embarrancado y no pudo ser reparado (siniestro total). En la misma zona el día 2 de Junio el U126 dañaría al buque cisterna MV.Standella (británico 6.197tn) que se había rezagado del convoy TS42. Tras unos días patrullando al Sur de Liberia el U126 iniciaría el regreso a la base.
El día 3 de Julio de 1943 el U126 y el U154 navegaban juntos al Noroeste de Cabo Ortegal hacia el Golfo de Vizcaya. Fueron detectado por un avión Wellington (equipado con la luz Leight) del escuadrón 172 (F/Sgt A.Coumbis), el U126 fue descubierto (iluminado) mientras se sumergía. El avión le lanzó varias cargas de profundidad.
No hubo supervivientes, 55 muertos.
La posición del hundimiento del U126 fue 46º02’N 11º23’W.